Розуміння функції імунної системи птиці дуже важлива для проведення програм вакцинації та серологічного контролю. Функція імунної системи складна, включає в себе діяльність численних типів клітин і хімічних медіаторів. Основне завдання імунної системи полягає в здатності чинити опір руйнівній дії збудників інфекційних хвороб. Головним аспектом діяльності імунної системи є вироблення імунологічної пам'яті, яка дозволяє організму відповідати на повторний вплив певного збудника хвороби та швидку і ефективну імунну реакцію.

Існує два типи імунної реакції - гуморальний і клітинний імунітет. У формуванні гуморального імунітету бере участь фабрицієва (клоакальна) сумка, клітинного - тимус. Гуморальний імунітет пов'язаний з імуноглобулінами (антитілами), що з'являються коли птиця наражається на небезпеку інфікування певним збудником хвороби. Вони виробляються В-лімфоцитами, що продукуються фабрицієвою сумкою. Антитіла здатні нейтралізувати або сприяти нейтралізації специфічних збудників. Клітинний імунітет охарактеризувати важче, оскільки він включає діяльність численних типів різних клітин. Прикладами клітинного імунітету є фагоцитоз і ліквідація патогенних мікроорганізмів макофагами, регулювання імунної реакції клітинами-хелперами, знищення клітин заражених вірусами цитотоксичними регулюючими клітинами.